La guerra significó una presión enorme para el cumplimiento de las funciones de la UCA. No obstante, esta se adaptó, incluso cambiando el ritmo de su quehacer. En este período, sin duda en respuesta a las exigencias de la crisis, la UCA puso su mayor peso creativo en la proyección social. Aunque también hubo novedades en el área académica, donde abrió nuevas carreras: Química Agrícola (1982), Ingeniería Eléctrica para ingenieros mecánicos (1982), Ingeniería Agronómica con especialidad en economía agrícola (1983), profesorados en Ciencias Sociales y en Ciencias Religiosas y Morales (1983), Ciencias Jurídicas (1984), plan complementario en Sociología (1984), y Arquitectura (1987). Asimismo, abrió la Escuela de Idiomas, dedicada a la enseñanza del inglés, con bastante éxito.
En esta década, inició los programas de maestría, primero Teología (1985), seguida de Administración de Empresas (1987). Desde finales de la década anterior, la UCA comprendió la necesidad de elevar el nivel académico y profesional del país, dando el paso a los postgrados; pero procedió con suma cautela, pues había que contar primero con personal calificado y con los recursos mínimos necesarios. Para asegurar lo primero, desde mediados de la década de los setenta, se preocupó por enviar a sus mejores egresados con vocación universitaria a especializarse en universidades extranjeras. Primero, utilizó una parte del segundo préstamo del Banco Interamericano de Desarrollo; luego, su prestigio y la calidad de sus propios egresados permitieron a ambos beneficiarse de becas, ofrecidas por Gobiernos e instituciones privadas.
Esta experiencia no ha dado todos los resultados esperados. Una buena parte de los becarios no regresa a la UCA, y otros la abandonan al cumplir los años de servicio a los cuales están obligados. Influye mucho el nivel de salarios de la Universidad, que, no obstante sus esfuerzos, no son competitivos en relación con los de los sectores público y privado. A pesar de esto, la UCA pudo renovar su personal. Así, la mayoría del personal joven mejor cualificado comenzó como instructor, al graduarse permaneció en la Universidad, poco después salió a especializarse en el exterior gracias a una beca y en la actualidad desarrolla su vocación universitaria en ella. La UCA, en la medida de sus posibilidades, siempre se ha preocupado por especializar a su personal y por mantenerlo actualizado.
En relación con esta intensa actividad académica, floreció la producción impresa: UCA Editores, fundada a comienzos de la década de 1970, incrementó notablemente su fondo editorial, tal como se puede constatar en su catálogo. Entre 1979 y 1984, la UCA llegó a tener nueve revistas, incluyendo ECA, fundada en 1946. Estas publicaciones, que recogen y difunden la producción académica de los departamentos, fueron precedidas por una de corta vida, llamada Abra. La lista es la siguiente: Administración de Empresas (1979), Boletín de Ciencias Económicas y Sociales (1979), Ciencia y Tecnología (1980), Proceso (1980), Carta a las Iglesias (1981), Boletín de Psicología (1982), Taller de Letras (1982), Revista Latinoamericana de Teología (1984). El boletín de economía se transformó en la revista Realidad económico-social, primero (1988), y luego en Realidad (1994). A comienzos de la década de los noventa, algunas de estas revistas tuvieron que suprimirse por falta de circulación. Entonces, Realidad se convirtió en la revista de humanidades y ciencias sociales, como lo indica su título actual. Hubo otras dos revistas tecnológicas de corta vida: Ciencias Naturales y Agrarias (1986) y Boletín de Ingeniería Eléctrica y Ciencias de la Computación (1991).
Algunos departamentos, en particular los de Mecánica Estructural y de Organización del Espacio, publican de forma periódica cuadernos de trabajo, que son explicados en las aulas a los estudiantes, o en conferencias y seminarios a los profesionales.
En 1985, al cumplir veinte años, la UCA volvió a recordar su identidad y su misión. Su pensamiento y experiencia están recogidos en Planteamiento universitario (1989). Al igual que antes, se vio conveniente revisar los planes de estudio de las diferentes carreras, pero la intensidad de la guerra no permitió concluir antes de 1989.
El pago de la deuda al Banco Interamericano de Desarrollo puso presiones fuertes sobre una economía universitaria afectada ya por la guerra. Las devaluaciones del colón, con las cuales no se contaba, triplicaron el monto adeudado. Sin embargo, un acuerdo con el Gobierno demócrata-cristiano alivió la pesada carga, pues este asumió una parte del monto que la devaluación suponía. Obviamente, la presión afectaba negativamente los salarios y las posibilidades de expansión. La carga de la deuda desapareció después de los asesinatos de 1989. En 1991, los centros de educación superior de Estados Unidos consiguieron que el Congreso de ese país liberara a la UCA de la deuda.
A finales de la década de los ochenta, la Junta de Directores comenzó a organizar un encuentro anual de todo el personal para reflexionar la misión, los desafíos y las fallas de la UCA.