La Universidad Centroamericana “José Simeón Cañas”, conocida como UCA, fue fundada en septiembre de 1965, en el contexto del optimismo de la década del desarrollo.
Un grupo de ciudadanos católicos se acercó al Gobierno y a la Compañía de Jesús para promover el establecimiento de una segunda universidad. Querían crear una alternativa a la Universidad de El Salvador para formar profesionalmente a los egresados de los colegios católicos.
La universidad concebida por este grupo de personas era privada, con capital y acciones, y orientada a satisfacer las demandas de una educación profesionalizante de una elite. Consideraban que una universidad católica concebida en estos términos contribuiría en gran medida al avance cultural del pueblo salvadoreño. Para matizar el elitismo, proponían ofrecer algunas becas.
Además de estas consideraciones generales sobre lo que debía ser la nueva institución, es importante subrayar la percepción que predominaba sobre la Universidad de El Salvador. Excepto por la Facultad de Medicina, generalmente considerada como de alta calidad, la docencia en las demás facultades era vista por los grupos poderosos como mediocre o deficiente. Pero lo que más preocupaba a estas clases sociales era la orientación ideológica de la UES, considerada como abiertamente comunista. La dimensión anticomunista en la idea de los promotores de la nueva universidad no fue explicitada públicamente, pero estaba sobreentendida entre la clase dominante, sin cuyo apoyo no hubiera sido posible fundarla.
La idea original no progresó, pero la Compañía de Jesús, que desde hacía varios años contemplaba la posibilidad de establecer una universidad, impulsó una alternativa diferente, al menos en dos puntos importantes. La primera es que sería una corporación de utilidad pública, cuya administración se encargaría a una junta de directores. La segunda es que se orientaría hacia el desarrollo económico y social de la región. En esta visión había una percepción, no muy clara del todo, de las grandes injusticias sociales. Los fundadores eligieron para la institución el nombre y símbolo libertario de José Simeón Cañas.
Por su parte, la Universidad de El Salvador, que vio amenazado su monopolio de la educación superior, y la oposición política, que la secundó, se opusieron a la UCA. Pero el Gobierno también deseaba una alternativa a la primera y, por consiguiente, apoyó el proyecto. Este apoyo fue determinante para que la Asamblea Legislativa aprobara el anteproyecto de ley de universidades privadas, el 24 de marzo de 1965 (Decreto Legislativo n.º 244, publicado en el Diario Oficial del 30 de marzo de 1965). A continuación se elaboraron los estatutos (Acuerdo Ejecutivo n.º 06173, del 1 de septiembre de 1965, publicado en el Diario Oficial del 13 de septiembre de 1965), se instaló la primera junta de directores, integrada por cinco jesuitas, se hizo la inauguración oficial el 15 de septiembre y comenzaron las clases, con 357 estudiantes, en locales de la Iglesia de Don Rúa, cedidos por los salesianos, a principios de 1966.
Con base en un estudio previo, la UCA comenzó con las carreras de Economía, Administración de Empresas, y las ingenierías Industrial, Eléctrica, Mecánica y Química. Las carreras humanísticas y la formación de profesores de educación media estaban previstas, pero fueron pospuestas. En efecto, la Facultad de Ciencias del Hombre y de la Naturaleza se fundó hasta 1969, con las carreras de Filosofía, Psicología y Letras. Desde el comienzo, se pensó que los licenciados en estas disciplinas contribuirían a la transformación del sistema educativo. En esta línea, se ofrecieron tres carreras cortas de tres años para obtener el título de Profesor de Educación Media en Letras y Ciencias. Una segunda razón para abrir esta rama del saber fue que las carreras establecidas hasta entonces, de índole más bien pragmática, debían integrar en sus planes de estudio materias humanísticas y humanizantes, con miras a una formación integral.
Se eligió el nombre de ciencias del hombre y de la naturaleza para sugerir la necesaria vinculación entre ambas y la interdisciplinariedad básica y profunda de todo saber científico. La creación de esta facultad significó una dinamización intelectual importante para la UCA, pues, además de incorporar la dimensión humanística, abrió nuevas perspectivas al quehacer universitario y obligó a revisar lo implementado hasta entonces.