El P. Segundo Montes también nació en Valladolid, el 15 de mayo de 1933. Ahí mismo hizo sus primeros estudios y la secundaria, entre 1936 y 1950. El 21 de agosto de 1950 entró en el noviciado de la Compañía de Jesús de Orduña. Ahí hizo su primer año, pues el segundo lo hizo ya en el noviciado de Santa Tecla en 1951 y fue uno de los primeros jesuitas en adoptar la nacionalidad salvadoreña en 1970, de la cual se sentía orgulloso. En 1952, sus superiores lo enviaron a la Universidad Católica de Quito a estudiar humanidades clásicas, obteniendo la licenciatura dos años después. En 1954 ahí mismo comenzó los estudios de filosofía, licenciándose en 1957. Comenzó sus estudios de teología en Oña en 1960,donde estuvo sólo un año; después fue a Innsbruck, donde sacó la licenciatura en 1964. Fue ordenado sacerdote en Innsbruck, el 25 de julio de 1963 e hizo profesión solemne en la Compañía de Jesús en San Salvador, el 2 de febrero de 1968.
La vida del P. Segundo Montes transcurrió entre el Colegio externado y la UCA. En el colegio estuvo dos temporadas, la primera entre 1957 y 1960 y la segunda entre 1966 y 19676. Al terminar sus estudios en Quito, sus superiores lo enviaron a trabajar al Colegio Externado, donde enseño física y durante años fue el responsable de los laboratorios del colegio. Luego fue prefecto d disciplina y director administrativo y, entre 1973 y 1976, rector, precisamente, cuando el colegio pasaba por una profunda crisis de identidad y de organización. La crisis no lo asustó, y con su fuerte personalidad y gran energía dirigió el colegio en aquellos años de cambio. Sus largos años en el Colegio Externado hicieron muy popular al P. Segundo Montes entre los ex alumnos. Dondequiera que fuera encontraba conocidos. Casó a muchos de ellos, bautizó a sus hijos y oyó problemas matrimoniales. Después se le fueron alejando, cuando la crisis del país fue polarizando la sociedad. Sin embargo, durante muchos años nadie lo acusó ni lo atacó en los panfletos y campos pagados. Sólo al final de su vida comenzó a aparecer su nombre en la lista de los jesuitas atacados por ser responsables de la violencia del país, por dirigir al FMLN, por servirle de fachada, etc. Su nombre era el tercero, después del de los padres Ellacuría y Martí-Baró.
Las exigencias de la UCA lo fueron sacando del Colegio Externado. Además de ser profesores de divisiones científicas y sociología, fue decano de la facultad de Ciencias del Hombre y de la Naturaleza entre 1970 y 1976. Para prepararse mejor decidió ir a estudiar a Madrid ya en su madurez. En 1978 obtuvo el título de doctor en antropología social en la Universidad Complutense. Escribió su tesis sobre las relaciones de compadrazgo en El Salvador. Los datos los sacó de largas entrevistas que hizo los fines de semana en la zona occidental del país.
Regresó a San Salvador oxigenado y desbordando energía. Reanudó sus clases de sociología y desde 1980 fue jefe del departamento de Ciencias políticas y sociología. Entre 1978 y 1982 fue jefe de redacción de ECA. Durante muchos años fue el responsable de la "Crónica del mes" de la revista. Fue miembro del consejo de redacción del Boletín de Ciencias Económicas y Sociales y de la Revista Realidad Económico Social. Era asiduo colaborador de todas estas revistas. Dió muchas conferencias en institutos nacionales, colegios, sindicatos, cooperativas, partidos políticos, etc. También fue miembro de la junta de directores de la UCA. Reunió a una serie de abogados para elaborar el curriculum de la carrera de derecho. Desde 1984 dirigió el proyecto de investigación sobre los desplazados y refugiados. Cuando lo mataron era director del Instituto de Derechos Humanos de la UCA y estaba preparando el programa de maestría en sociología.
El P. Segundo Montes derrochaba energía en todo lo que hacía. Era muy fogoso y lanzado. La casa del noviciado de Santa Tecla le venía estrecha. Cuando jugaba fútbol en el pequeño campo interior mandaba la pelota al vecindario o al tejado, rompiendo las tejas. Después tenía que aguantar la corrección fraterna. El P. Miguel Elizondo, su maestro de novicios, sabía que tenía buenas espaldas y lo corregía duramente. El P. Segundo Montes aceptaba con humildad las críticas y no guardaba resentimientos, pero le costaba corregirse porque tenía mucha fuerza y volvía a las mismas de antes.
Le gustaban las clases grandes y llenas a rebosar de alumnos. Disfrutaba describiendo cómo los alumnos no habían encontrado puesto. Su aula preferida, pese a no reunir condiciones muy pedagógicas, era el auditorio, donde dió varios cursos. Le encantaba hablar desde el escenario con el micrófono en la mano. Era buen profesor. Impactaba a sus temerosos alumnos, quienes lo seguían admirados desde abajo. Lo mismo disfrutaba cuando tenía la iglesia llena o una larga fila de personas que querían confesarse con él. Las fiestas parroquiales (primeras comuniones, semana santa, navidad) las gozaba en medio de las alegrías de la gente y de los niños. Todos los fines de año compraba pólvora para quemarla a las doce de la noche del 31 de diciembre.
Al final tuvo una casa con patio enorme. El se hizo cargo de dirigir la construcción de la nueva residencia universitaria, él puso las hamacas y consiguió las mecedoras parra la inmensa sala de estar que apenas si tuvo tiempo de estrenar. En el patio puso una huerta que ya había dado los primeros rábanos y lechugas. Sembró árboles frutales y todos los días inspeccionaba su desarrollo.
Era práctico, les gustaba armar y desarmar. Reparaba todo lo que se descomponía. Pocos días antes de que lo asesinaran se subió al techo de la casa para conectar los cables internos del teléfono. Sus conocimientos de física le facilitaron su andar por la casa arreglando desperfectos. Era de los primeros en levantarse cuando estallaban las bombas en la casa o en la universidad. Una de ellas estalló en la pared exterior de sus cuarto, prácticamente a los pies de su cama. En estos casos era el primero en hacerse cargo de la situación. Por todo esto, el Padre General lo nombró superior de la comunidad en 1984. A él le hacía mucha ilusión que el nombramiento hubiera sido hecho directamente por el Padre General. Como superior se preocupó por la comodidad de cada uno de los miembros de sus comunidad. Practicó el principio de la evangelización de mandar es servir. El P. Montes era tajante en sus afirmaciones y con frecuencia exagerado. Al comienzo asustaba, pero tenía un gran corazón y sabía dar afecto y cariño. Era muy leal y buen compañero.
Fue un escritor prolífico. Escribió muchos artículos y libros. Su inacabable actividad investigadora y su pluma incansable estaban muy de acuerdo con su forma de ser. Desde 1982 escribía por lo menos un libro al año, cuando no dos. Escribía con entusiasmo y optimismo. Los datos de sus escritos los sacaba de las estadísticas y de las encuestas que hacía con la colaboración de sus estudiantes de sociología. Sus temas preferidos fueron la educación, cuando aún trabajaba en el Colegio Externado; las relaciones y estructuras sociales del país ; los militares, que era un tema que lo apasionaba y en el cual se consideraba un especialista; los refugiados y desplazados, a quienes buscó por todo el país, en Honduras y Nicaragua e incluso en Estados Unidos; y los derechos humanos. De hecho, fue le primero en prestar atención seria a estos problemas y el primero en investigar el paradero y las condiciones de vida de estos salvadoreños. Esta búsqueda científica y humanitaria lo llevó a hasta los extremos del departamento de Morazán y a los campamentos de Honduras. Cuando regresaba venía cargado de anécdotas y de admiración por el talante de la gente; también solía regresar con artesanías hechas por los mismos refugiados o desplazados o con fruta comprada junto al puente del río Lempa o pescado del mismo río.
Su trabajo científico sobre los desplazados y refugiados y los derechos humanos lo dieron a conocer en la comunidad internacional. Entonces comenzó a recibir invitaciones para dar conferencias en Estados Unidos. En ellas denunció la situación de los desplazados y refugiados y las violaciones a los derechos humanos. En la televisión nacional fue aparecido cada vez con más frecuencia hablando de estos temas. Varias veces fue a Washington a testificar ante los comités del Congreso para defender los derechos de los refugiados salvadoreños en Estados Unidos. Su último viaje fue a Washington, a principios de noviembre, donde, en una de las salas del Congreso, CARECEN (organización asistencias para ayudar a refugiados) le dio un premio a él y a WOLA por defender los derechos de los salvadoreños.
Desde principios de la década de 1980, el P. Segundo Montes dedicó una parte de sus fines de semana a atender sacerdotalmente parroquias suburbanas sin párroco. Primero estuvo en Calle Real y luego, desde 1984, en la colonia Quezaltepeque de Santa Tecla. El P. Montes se supo ganar el cariño de la gente por su generosidad y su trato cercano. Hizo partícipes a los vecinos de la colonia Quezaltepeque de sus experiencias con los salvadoreños más pobres. Disfrutaba relatándoles sus visitas a las repoblaciones, a los campamentos de Honduras, sus viajes a Estados Unidos o al oriente del país; les contaba, por ejemplo, cómo había tenido que decir misa bajo las balas en Perquín. Evangelizó con el ejemplo de otros más pobres. En una de sus últimas homilías les contó en detalle el régimen comunitario en el cual vivían los refugiados en los campamentos en Honduras. Cuando lo mataron estaba con la iglesia de la colina a medio construir. Como la colonia no tenía templo desde el comienzo se empeño en construir uno con la ayuda de la gente y de sus relaciones. Cuando el P. Segundo Montes comenzó a llegar a la colonia Quezaltepeque no les garantizó su permanencia; pero se fue quedando. La gente le ganó el corazón con la fiesta de cumpleaños que le celebraron la primera vez. En su último cumpleaños lo conmovieron hasta las lágrimas cuando le regalaron una bonita mecedora.
La gente recuerda mucho su semblante. Barba rubia, tez encendida y ojos azules. En la UCA lo llamaban Zeus. Pero los niños no le tenían miedo. Se le acercaban y ponían sus caritas sobre sus barbas. La gente dice que sus ojos cambiaban al levantar el cáliz, se los veían azules, luego amarillos, luego verdes..., según los cambiara de dirección. Una anciana decía que veían a "Chacha Chús" (Tata Chús) como dicen los niños o a San José. "Era un padre consentidor", dicen otros, pero claro en sus principios y tajante en sus afirmaciones. En los últimos meses llevaba encima el gran dolor de haber perdido a su único hermano varón (Santiago, quien también fue profesor en la UCA a comienzos de la década de 1970) con quien se sentía muy unido.
El domingo 12 de noviembre ya no pudo ir a la colonia por la ofensiva. Ese día le iban a entregar un pergamino de reconocimiento porque la comunidad quería demostrarle su orgullo y amistad por el premio que le habían dado en Washington. La comunidad se identificó con su trabajo por los más pobres y se lo quería decir públicamente. El domingo 19 tampoco llegó. Ya no volvió a la colonia. Ahora vive para siempre en la comunidad, en los estudiantes y en los profesores de la UCA y en sus amigos.