Nació en Villatuerta, Navarra, el 29 de agosto de 1933. Sus primeros estudios los hizo en Bilbao, entre 1938 y 1943. El 14 de septiembre de 1950 entró al noviciado de la Compañía de Jesús de Orduña. A mediados de 1951 llegó a Santa Tecla para terminar su noviciado. Era tan tímido que el P. Elizondo lo ponía a hablar contra la pared para que se le soltara la lengua. Se jactaba de ser muy "secular" y se reía, cuando le tomaban el pelo, de quienes venían de apostólicas, seminarios y ambientes cerrados. Se sentía orgulloso de haber estudiado en el Colegio de Indaucho, dirigido por los jesuitas de Bilbao. La vida, sin embargo, lo fue llevando hacia los terrenos de la espiritualidad y, por lo tanto, su público principal fueron los sacerdotes, los religiosos y las religiosas y los seminaristas. Fue ordenado sacerdote en Saint Mary's, Kansas, el 14 de junio de 1964 e hizo profesión solemne en la Compañía de Jesús el 2 de febrero de 1968, en San Salvador.
No hizo estudios especiales, como la mayoría de su compañeros mártires, ni sacó postgrado alguno. El P. Juan Ramón Moreno se quedó sólo con la licenciatura en humanidades clásicas de la Universidad Católica (1955), la de filosofía, obtenida en la misma universidad en 1958 y con la de teología, obtenida en Saint Louis Missouri en 1965. El P. Moreno era muy inteligente y capaz, preciso y profundo, aunque no muy creativo. No hizo estudios especiales porque sus superiores no le dieron esa oportunidad. Si bien en el trato personal siempre fue tímido y algo brusco, cuando tomaba la palabra se iba entusiasmando y hablaba muy convencido de lo que decía, adoptando un tono muy exhortativo, aunque sólo lo estuvieran oyendo tres personas.
En 1958, al terminar sus estudios de filosofía en Quito, fue enviado por sus superiores al Colegio Centro América de Granada, donde fue profesor de química e inspector de los internos más pequeños del colegio. El P. Juan Ramón Moreno era un apasionado de lo que hacía y se dedicó a la química por completo. Sus alumnos lo conocían por Hipoclirito. Más tarde abandonó la química y también la biología que le gustaba mucho, pero siempre se interesó en las ciencias. En la UCA fue profesor de visiones científicas entre 1971 y1974. Cuando lo mataron era un experto en computadoras. Había aprendido solo, ayudado de los manuales y de su inacabable paciencia y tenacidad. Pasaba horas aprendiendo a manejar los programas hasta que los dominaba y los hacía rendir. Le gustaba enseñar a otros también. Donde había un equipo o un programa nuevo, ahí se presentaba para conocerlo y estudiarlo, y en el caso de los programas, para copiarlos. Mecanizó la catalogación de los miles de volúmenes de la biblioteca del Centro de Reflexión Teológica y la administración de la oficina del padre provincial. Aparentemente era muy desordenado; su mesa de trabajo y su cuarto siempre estuvieron bastante revueltos, pero él tenía un gran orden interno y un gusto especial por lo exacto.
Pero las ciencias no fueron lo principal en su vida. Al terminar sus estudios de teología en Saint Louis, en 1966, sus superiores le dijeron que se especializara en ciencias, pero después le dijeron que estudiara dogma porque en el seminario no había profesor para esta materia; poco tiempo después le dijeron que mejor estudiara moral y, al final, le mandaron presentarse de inmediato en el Seminario San José de la Montaña de San Salvador, suspendiendo los estudios especiales. El P. Juan Ramón Moreno fue traído de Estados Unidos para ayudar a poner en marcha los estudios de bachillerato del seminario menor, del cual fue nombrado prefecto de estudios y disciplina. De esta manera no hizo estudios especiales y fue enviado a enseñar y a servir como padre espiritual del seminario. Enseñó historia, cívica, matemática, inglés, geografía y biología, es decir, una verdadera gama de materias. Pero no sólo enseñó materias de bachillerato, también les enseñó el ministerio sacerdotal saliendo con ellos por los pueblos del país a celebrar la semana santa y a predicar misiones. En el P. Juan Ramón Moreno siempre hubo una veta de misionero popular y de párroco de pueblo.
Cuando lo mataron era un especialista en moral especial. Estaba al día en los problemas planteados a la moral cristiana por la biotecnología. Fue profesor de teología fundamental, de moral especial y de teología sistemática. Siempre se quejó porque no tenía tiempo suficiente para estudiar y preparar mejor sus clases. La coordinación del profesorado en ciencias religiosas y morales y la administración del Centro Monseñor Romero, del cual era subdirector, le consumía mucho tiempo.
En 1969, cuando la provincia necesitaba urgentemente un maestro de novicios para el noviciado de Santa Tecla, los superiores se fijaron en él. Lo sacaron del seminario menor y lo mandaron a Roma para que tomara algunos cursos en espiritualidad ignaciana. Regresó a Santa Tecla en 1970 y fue nombrado maestro de novicios. Inauguró un nuevo estilo estilo de noviciado, según las nuevas directrices de la Congregación General XXXI y los documentos del P. Arrupe. Fue un trabajo duro y angustioso porque quería mantener un equilibrio sano entre la tradición de la Compañía de Jesús y las nuevas directrices. Le resultaba difícil a veces distinguir entre lo tradicional que había que conservar y las meras formas. Había muchas cosas que cambiar, pero no sabía hasta dónde debía llegar. En ese entonces, además de ser maestro de novicios fue profesor del seminario, espiritual de algunos seminaristas, profesor de la UCA e incluso llegó a ser rector del Colegio Externado por breve tiempo. En realidad, los superiores lo mandaron a calmar los ánimos de todos aquellos que estaban comprometidos en la crisis del colegio. En los momentos más difíciles, el P. Amando López llegaba al noviciado con una botella de cognac y un par de puros para animarlo. Al final, después de cinco años de ser maestro de novicios, casi todos los novicios suyos abandonaron la Compañía de Jesús por una u otra razón.
Al dejar el cargo de maestro de novicios en 1974, fue a Roma a hacer un año sabático. Estuvo dos años, tomó algunos cursos en la Universidad Gregoriana y fue padre espiritual del Pío Latinoamericano. En 1976, sus superiores lo enviaron a Panamá, donde fundó el Centro Ignaciano de Centroamérica para promover la espiritualidad ignaciana y los ejercicios espirituales. Fue director del Centro Ignaciano de 1976 a 1980. Lo dotó con una biblioteca bastante completa y muy bien clasificada y ordenada, y fundó la revista Diakonía para difundir la teología de la liberación y sobre todo la teología espiritual. El casi no escribió nada :cuatro artículos, dos en 1978, uno en 1979 y el cuarto en 1984. Sin embargo, estaba al día, condensaba, resumía y traducía cuanto era necesario, y luego, reproducía. Diakonía ha prestado un gran servicio a los religiosos centroamericanos y panameños. En 1980, cuando sus superiores lo destinaron a Managua, se trasladó con todo y Centro Ignaciano , incluida la biblioteca. En la UCA de Managua le dieron un pequeño local que pronto le resultó estrecho e insuficiente. Entonces construyó uno más adecuado a las necesidades del Centro Ignaciano y a Diakonía. Fue miembro de la junta de directores de la universidad, director del Instituto de Ciencias Religiosas y superior de la comunidad universitaria entre 1980 y 1982.
Cuando el P. Moreno regresó a la provincia de Roma se dedicó a promover y a dar ejercicios espirituales, sobre todo a los religiosos y religiosas; fue profesor del noviciado que en ese entonces ya estaba en Panamá; se distinguió por su buen juicio y por eso fue consejero de varios provinciales. Dio varias tandas de ejercicios a los diferentes cleros centroamericanos. Fue presidente de las conferencias de religiosos de panamá y Nicaragua. En sus conferencias, clases y ejercicios era muy dinámico y serio. Su palabra era fogosa, pero su expresión no hería porque sabía motivar el compromiso con la justicia desde la fe. Daba confianza a quienes no eran muy radicales. Dentro de la provincia jesuítica, los sectores más conservadores se consideraban bien representados por él. Gozaba de un público muy amplio. Varias veces dio ejercicios espirituales al grupo de cristianos nicaragüenses más comprometidos con el proceso revolucionario. A comienzos de 1989 habló ante más de cuatro mil religiosas de una congregación canadiense. Cuando lo mataron estaba preparando una serie de conferencias para más de mil religiosas de otra congregación que se iban a reunir en Houston en enero de 1990.
A principios de 1980 participó en la campaña de alfabetización de Nicaragua. Le tocó dirigir a un grupo de estudiantes en el pueblo de Santa Lucía, en el departamento de Boaco. Desde entonces quedó prendado de ese pequeño pueblecito y de su gente. Una de las cosas que más le gustaba era pescar en el río que pasaba por las proximidades. Mientras estuvo en Nicaragua buscaba pretextos para escaparse del Centro Ignaciano e irse a Santa Lucía . Cuando se vino para El Salvador siempre tuvo como punto de referencia a este pueblo; si viajaba a Managua se escapaba a Santa Lucía y a veces se iba a pasar vacaciones ahí.
En 1985, sus superiores lo trajeron a San Salvador para que ayudara en la docencia de teología y para organizar la biblioteca del Centro de Reflexión Teológica. Al poco tiempo reunió en una sola biblioteca los mejores libros de teología y de espiritualidad de las diversas casas del país, los catalogó y los ordenó cuidadosamente. Más tarde, mecanizó el catálogo de la biblioteca. Supervisó la construcción del nuevo edificio del Centro Monseñor Romero. Fue secretario del padre provincial, encargado de los archivos de la provincia y de publicar las noticias de los padres centroamericanos.
Los domingos decía dos misas matutinas en la iglesia del Carmen de Santa Tecla. Sus encendidas homilías eran famosas. Pero eso no le satisfacía. Cuando lo trajeron a San Salvador pidió al padre provincial que después de organizar la biblioteca del Centro de Reflexión Teológica lo dejara hacerse cargo de una parroquia rural. Su ilusión fue hacerse párroco rural y venir a San Salvador a dar sus clases de teología. Pero pasó el tiempo y se fue quedando en la ciudad y en la UCA, las responsabilidades administrativas lo retuvieron y ahí lo encontraron sus asesinos.
A diferencia de sus otros compañeros, no echó raíces muy profundas en ningún lado. No tenía muchos amigos fuera de la comunidad, en parte por timidez, en parte porque no trabajó mucho tiempo en un país. Sin embargo , constantemente estaba recibiendo invitaciones para dar ejercicios espirituales. No le faltaban religiosos quienes lo buscaran para pedirle consejo. A finales de noviembre iba a dar ejercicios espirituales al clero de Chalatenango.
Su palabra encendida, su sabio consejo y su pasión por predicar el reino de Dios han quedado esparcidos por toda Centroamérica. Ahora corresponde esperar que esa semilla fructifique.