La UCA sostiene que el cristianismo de una universidad no se mide por las doctrinas que explique, ni por las prácticas religiosas que promueva. Esta no es la función de la universidad. La inspiración cristiana debe favorecer y potenciar los fines y los medios de la universidad, sin forzar ninguna obligación religiosa.
 
Entendidos históricamente, tanto el cristianismo como la UCA coinciden en el punto de partida: el pecado y la injusticia deben ser eliminados por un proceso de liberación. Desde la perspectiva de la liberación, el cristianismo puede aportar mucho al quehacer universitario, pues así como la UCA está más centrada en los males y las reformas estructurales, aquel se preocupa más por la relación de las personas con las estructuras. La liberación se refiere a ambas. De esta manera, el cristianismo puede y debe aportar al quehacer de la UCA la preocupación por la dimensión personal, pues un cambio de estructuras no conlleva necesariamente un cambio radical de la realidad personal. Dicho en términos más positivos, la UCA debe buscar la construcción de una realidad humana nueva y de una tierra nueva, aunque la novedad de esa realidad no se logrará más que buscando de forma activa la construcción de esa tierra.
 
La realidad cristiana que mejor recoge esta afirmación es la del reino de Dios, porque apunta a una tierra nueva, pero remitiendo a la tierra vieja que hay que abandonar o transformar. El anuncio del reino afirma que, a pesar de las apariencias, puede haber esperanza. Para las mayorías oprimidas existe una buena noticia y la historia tiene sentido.
 
Desde la perspectiva del reino de Dios, la UCA debe ver en los más necesitados a los privilegiados de dicho reino en oposición a los privilegiados de este mundo; debe negar los elementos deshumanizadores como el ansia de riqueza, honores, poder y halagos de los poderes de este mundo; promover la sustitución del egoísmo por el amor como motor de la vida humana y la historia y poner el centro del interés en el otro, en la entrega a los demás más que en la exigencia a los otros en beneficio propio; querer más servir que ser servida; rechazar las desigualdades injustas; afirmar el valor trascendente de la vida humana, y, por lo tanto, la fraternidad y la solidaridad en la humanidad; despertar la necesidad de un futuro siempre mayor, desatando la esperanza activa de quienes quieren construir una sociedad más justa; ver en la negación de la humanidad y la fraternidad la negación radical de Dios y, en ese sentido, del principio de toda realidad y realización humana. La inspiración cristiana de la UCA se deriva de su compromiso activo con estos valores, que la deben inspirar y configurar.
 
La inspiración cristiana no es cuestión de intenciones, sino de realidades verificables. Si el quehacer de la UCA no está determinado por la realidad histórica en la cual se encuentra inserta, entendida como pecado estructural, ignora la base real de la historia de la salvación. Si no combate contra el mal estructural, no está en la línea del evangelio. El cristianismo de la UCA debe verificarse desde su orientación histórica concreta, preguntándose a qué señor sirve, sabiendo que no puede servir a dos señores y uno de los señores a los que no puede servir es la riqueza, entendida como dios opuesto al Dios revelado en Jesucristo.
 
La UCA y cristianismo coinciden también en el desde dónde promover el proyecto universitario y el reino de Dios: desde la opción por las mayorías empobrecidas. Esta opción proporciona a la primera un lugar encarnatorio, en cuanto que cultivadora de la ciencia y la técnica y en cuanto que fuerza social. No se trata de una encarnación física o geográfica en los pobres, tampoco se trata de cambiar la extracción social de sus estudiantes, ni implica abandonar el método universitario. Encarnación significa que el mundo de los pobres entre en la UCA, que su problemática objetiva sea tenida en cuenta como algo central y defender sus intereses legítimos.
 
La opción por lo pobres permite superar el peligro de la mundanización. La UCA tiene el grave peligro de asemejarse a los otros poderes mundanos, perdiendo de vista su objetivo último integrador. Pero la opción por las mayorías empobrecidas, le permite superar este peligro; sin ella, difícilmente lo logra, porque la universidad puede llegar a tener mucho poder. Si la UCA quiere ser cristiana tiene que cumplir con la ley de la encarnación, pasando por la opción por los pobres. Positivamente, esta opción es importante porque proporciona credibilidad. Por su excelencia académica, la UCA posee prestigio, pero para cumplir de forma adecuada con su proyección social, ese prestigio debe ir acompañado de la credibilidad.
 
Terminamos con las mismas palabras con las que Ignacio Ellacuría concluía su discurso del 17 de septiembre de 1985, cuando la UCA cumplió veinte años de servicio: "siempre se puede dar más, sobre todo si la causa por la que se trabaja es una causa noble. Pocas causas más nobles que esta en la que se empeña nuestra universidad: crear una nueva tierra, arándola y cultivándola con la mejor inteligencia humana, teniendo ante los ojos que quienes más derecho tienen a disfrutarla son los preteridos de la historia, porque cuando se haga la justicia se habrá hecho posible la paz, cuando se comparta equitativamente lo que en su destino primario es de todos se habrá hecho posible la libertad, una libertad en que cada individuo puede ser plenamente libre, porque todos lo son realmente y no solo en la letra muerta de los códigos o en la retórica vacía de los discursos. Trabajar unidos en todo esto para contribuir a la solución de la gran crisis nacional desde nuestra condición de universitarios es el desafío que tenemos por delante después de haber dejado tras nosotros…".
A lo largo de su historia, la UCA ha ido descubriendo su misión, su identidad y sus funciones. Estos conceptos no aparecieron de forma acabada de una vez. Consistente con su visión, la UCA los ha ido historizando, por lo tanto, son conceptos dinámicos. A continuación se sintetiza el pensamiento que da cuenta del ser y práctica de la UCA en la actualidad.