Los departamentos académicos son unidades especializadas en una o varias disciplinas y áreas del conocimiento, conformados por expertos que hacen docencia, investigación y proyección social propia de una disciplina; y prestan servicios a las diferentes carreras que ofrece la Universidad. Así, pues, los departamentos son instancias disciplinares e interfuncionales, que trabajan de manera paralela a las cuatro facultades de la Universidad (Ciencias Sociales y Humanidades, Ciencias Económicas y Empresariales, Ingeniería y Arquitectura, y Postgrados).
De este modo, ninguna unidad básica de la estructura académica se subordina de forma exclusiva a otra. Todas están estrechamente coordinadas entre sí y por la Vicerrectoría Académica. Este tipo de estructura organizativa responde al modelo matricial que la UCA adoptó a inicios de los setentas.
Actualmente, la Universidad cuenta con los siguientes departamentos: